Šarl Bovari, seoski lekar i udovac, ženi se ljupkom devojkom Emom Ruo. Ema je kći imućnog seoskog gospodina. Ranu mladost i školovanje provela je u manastiru uršulinki gde često kradom čita zabranjene romantične ljubavne romane u koje uranja svom silinom svoje mašte.
Od braka je očekivala ostvarenje svojih romantičnih snova, sreću i mir, no ubrzo se pita:
Bože, zašto sam se udala?
Dobroćudni Šarl svim svojim jednostavnim srcem ljubi Emu i misli da mu je ljubav uzvraćena. Međutim, mlada žena vrlo brzo shvata raskorak između svojih snova i monotone jednoličnosti svakodnevnog malograđanskog života. Njezin duh vapi za pustolovinama.
Nakon selidbe u Jonvil Ema upoznaje pristalog advokatskog pripravnika Leona s kojim se počinje tajno sastajati. Leon odlazi u Pariz, a Ema, željna ljubavnih pustolovina, predaje se ljubavnoj vezi sa elegantnim baronom Rodolfom. Sledi ljubavna romansa uz vatru kamina, izlete u prirodu... Potpuno zapušta Šarla, kuću, dete. Opsednuta je ljubavnikom, lepim haljinama i svojim sada uzbudljivim životom. Nagovara Rodolfa da je otme i da pobegnu.
U početku Rodolf pristaje, ali joj kasnije šalje pismo u kojem objašnjava da je odustao od bega. Ema je potpuno skrhana, doživljava slom nerava. Šarl je pokušava utešiti, pokazuje potpuno razumevanje, brine se za dete, vraća sve dugove i ne pitajući kako su nastali. Ona ponovo živi teško podnoseći dosadu svakodnevnog života. Šarl je želi razvedriti i zabaviti te je odvede u pozorište u Ruan. Tamo susretne Leona i obnovi s njim stari flert, ali kod Leona sve više raste zasićenost Emom. Ema je upadala u sve veće dugove u težnji da ostvari svoje želje za raskoši i sjajem.
Sav ostali svet bio je za nju izgubljen, bez određena mesta i kao da nije ni postojao. Što su joj, uostalom, stvari bile bliže, to više su se od njih odvraćale njene misli. Sve što ju je neposredno okruživalo, dosadno selo, glupi malograđani, osrednji život, činilo joj se izuzetkom u svetu, pukim slučajem, koji ju je držao u svojim okovima, dok se izvan toga kruga protezala unedogled neizmerna zemlja blaženstva i strasti.
Očajna zbog pretnje prisilne naplate dugova odlazi Rodolfu. Moli ga da je spasi od dugova, ali on je odbija. Ema je poražena i ponižena. Dok sudski izvršitelj popisuje stvari u porodičnoj kući:
Bila je tako tužna i tako mirna, u isti mah tako mila i tako povučena, da si u njenoj blizini osećao kako te obuzima neki ledeni čar, kao što te u crkvama hvata zima od hladnoće mramora, koja se meša s mirisom cveća.
Ne može prihvatiti poraz i ponovni povratak u dosadu svakodnevnog života te radije bira beg u smrt. Ispija otrov i umire.
Šarl, jecajući, sav kao lud, u očaju govori svojoj umirućoj ženi: Zar nisi bila sretna? Jesam li ja možda kriv? Činio sam ipak sve što sam mogao! Uskoro i on umire ostavljajući iza sebe nezbrinuto dete.